Despega tras permanecer en el suelo poco mas de una hora y trata de recuperar el tiempo perdido, pero el calor sofocante y las ráfagas de arena que el "rififi", viento del desierto, le aconsejan tomar tierra en Port Étienne para revisar y limpiar el motor, ya que cualquier rozamiento o arena en los filtros, podrían hacer fracasar el salto del Atlántico.
Estando en Port Étienne terminando de revisar el motor, con la ayuda de un mecánico francés, llega un teniente español en un coche a buscar a Juan Ignacio, para que pase la noche en el fuerte español de la "Agüera", que dista unos 20 kilómetros. Despega Pombo a las ocho y media de la mañana del día 18, con destino a Bathurst, pero una rápida subida de temperatura del motor le obliga a tomar tierra en San Luis de Senegal, donde, una vez solventada la dificultad, despega a las trece treinta, llegando a la hora y media de vuelo a Bathurst.
En Bathurst se encuentra con el capitán de la aviación militar española, José Servet, que expresamente ha ido para prestar al aviador montañés cuanta ayuda necesite. El día 19 se repasa el avión y el motor, cambiando el aceite de este y cargándose a tope la gasolina para el salto del Atlántico. Acompañado de Servet y del personal alemán de la "Lufthansa" que le atiende solícitamente y le proporciona alojamiento, va Juan Ignacio al buque-escala "Schwabenland", donde los meteorólogos alemanes le ponen al corriente del estado del tiempo. Dispone también la empresa alemana, que se hagan a la mar, horas antes de la salida del aviador español, este barco, mientras que el otro buque-escala de la compañía, el "Wesstfalen", lo hagan de su base de Fernando de Noronha, saliendo al encuentro de la "Santander". De esta manera, durante el vuelo, habrá dos puntos de apoyo situados, respectivamente, a 300 millas de Africa y a 500 de la isla de Fernando de Noronha; apoyo más moral que material, al no disponer la "Santander" de equipo de radio, con el que poder informar de algún posible percance.
Dado que tampoco dispone Juan Ignacio de radiogoniómetro ni de instrumentos para la navegación astronómica, ha de preparar la travesía del océano navegando a la estima, para lo que ayudado por el Capitán Servet, destacado navegante aeronáutico, tras un detallado estudio del cuadro de marcha de la "Santander" y de los vientos reinantes a lo largo de la ruta, determinan la derrota a seguir, manteniendo tres rumbos sucesivos que corresponden a la corrección de las derivas ocasionadas por los alisios en los tramos primeros y tercero de la travesía. También se releen el plan médico que le entregó el teniente médico de Tablada a su paso por Sevilla, que le facilitará el resistir las largas horas de travesía.
Y llega el momento cumbre. La víspera, se retira a descansar al mediodía; duerme tranquilo como si "aquello" que va a afrontar dentro de unas horas esté dentro de lo normal y lo rutinario. A las nueve de la noche es despertado, como él había dispuesto, y tras darse un baño tibio, se retira a escribir unas cartas para que sean enviadas si no logra salir con vida de la empresa, toma luego una ligera comida y se dirige al lugar donde está ya dispuesta la "Santander" cuya silueta, destacada por las luces del aparcamiento, parece levantar agresivamente el morro en actitud de desafío sal inmenso Atlántico que se oculta en la negrura de la noche.
Juan Ignacio se dirige al avión, le da una vuelta alrededor, efectuando una última revisión, se despide con un abrazo del Capitán Servet y del no muy numeroso grupo que ha trasnochado para despedirle y entre cuyas caras se adivina la inquietud por la suerte del bravo español, y sube a la cabina, saluda con la mano y pone el motor en marcha.
Tras unos minutos de calentamiento del motor, hace señas para que le quiten los calzos, saluda de nuevo y rueda despacio hacia la línea de luces que señalan la dirección de despegue, sitúa la "Santander" paralela a ella y a la derecha, se encomienda a la virgen "Bien Aparecida" y va metiendo gases suavemente.
Comienza la carrera de despegue la pequeña avioneta y va ganando velocidad gradualmente; el motor ruge con toda su pequeña potencia, en la cabina no hay mas luz que la tenue, azulada, que ilumina el tablero de instrumentos. Las luces de pista van pasando por la izquierda, mas rápidas cada vez, mientras la avioneta trepita al pasar las ruedas sobre las pequeñas irregularidades del terreno. Juan Ignacio piensa que tarda en embalarse el avión, y tiene la sensación de que va acabándose la pista sin que aquel adquiera la velocidad suficiente para irse al aire. Nunca ha despegado con tanto peso en un aparato tan pequeño. Las luces pasan ya muy rápidas, van disminuyendo las trepidaciones al ir dejando las ruedas de apoyarse en el suelo. Un ligero tirón de la palanca, y la "Santander" está en el aire. Pasan raudas las últimas luces de la pista, alejándose y tomando, por mor de la velocidad, forma alargada. De pronto, no ve otra cosa, Juan Ignacio, que la negrura de la noche bajo sus pies. Esconde el tren de aterrizaje, da una vuelta sobre el campo mientras gana altura, y se aproa al inmenso Atlántico tomando el rumbo previsto para el primer tramo. Con el corazón saltándole en el pecho, lleno de ilusión, comienza la gran aventura.
Cuando lleva poco mas de una hora de vuelo, ve allá abajo las luces de un barco y la visión le proporciona una gran sensación de bienestar; piensa que también los marineros le ven a él y esto le anula la sensación de soledad que empezaba a sentir. El suave y firme ronroneo del motor le parece a Juan Ignacio una canción triunfal cantada a coro por los 130 caballos dirigidos por su propio corazón. Va en todo momento pendiente del reloj y del consumo de combustible, cálculo que se ve facilitado por el hecho de ser independientes los cinco depósitos.
Van trascurridas tres horas de vuelo cuando empiezan a surgir las primeras dificultades, al verse envuelto el frágil aparato por los primeros chubascos de una tormenta que hace bailar a la "Santander". Gruesas gotas de lluvia tamborilean en la cabina. El piloto no pierde la serenidad y va buscando la altura más idónea para evitar los efectos de la tormenta, sin lograr esquivarla; no puede tratar de rodearla pues, sobre no saber la extensión que tiene, es tan escaso el margen de combustible que, si se apartara de la ruta, correría el riesgo de no llegar a la costa americana. Se ve obligado a descender y encuentra que a cincuenta metros de la superficie de las olas, la turbulencia es menor, aunque volar a esa altura le exige una mayor atención a los mandos, con al consiguiente fatiga.
Al amanecer, Juan Ignacio es testigo de un impresionante espectáculo, grandes barreras de nubes negras, espesas, cubren el horizonte; de ellas se desprenden chubascos intermitentes que forman como columnas de enormes arcos de una fantástica catedral. Está cruzando la "Santander" la zona de grandes perturbaciones atmosféricas producidas al formarse una profunda depresión, al chocar las diferentes presiones de los alisios y contraalisios; es lo que los franceses llaman "le port au noir", que constituye una fuente permanente de tormentas.
A propósito de estas horas largas, duras, en lucha con la tormenta para mantener el rumbo sin que la frágil "Santander" quedara destrozada, dice Juan Ignacio :
"En estos momentos hice las consideraciones sobre la satisfacción de mis creencias y de la grandeza de Dios. Pensé en mis padres, en mis hermanos, en España y en mí. Viviendo con intensidad dramática estos recuerdos, sostuve la lucha hasta que amainado el viento encontré los normales alisios, y poco a poco, con la mirada clavada en el reloj y a pesar del exceso de gasto de combustible, por impedirme los vientos la marcha normal, pude encontrar el optimismo dentro de mi espíritu, preparado siempre a toda eventualidad, pero tranquilo y sereno en el puesto de mando".
Ya, hacia el centro del día, cruzando el ecuador, resulta triunfante el sol en su lucha con los nubarrones. Llevan Juan Ignacio y la "Santander" catorce horas de vuelo ininterrumpidas en sus fatigados organismos, cuando el piloto divisa una línea oscura en el horizonte, duda al principio si será tierra o solamente se tratará de una ilusión óptica, pero no tarda en poder identificarla como la isla de Fernando de Noronha, experimentando una gran alegría que le produce saber que no se ha desviado y que pese a la tormenta que ha debido cruzar, las correcciones hechas al rumbo en los puntos previstos, han resultado de una exactitud matemática.
Aligerada la "Santander" de combustible, marcha ahora a una velocidad algo por encima de los 200 km por hora, acercándose a la costa brasileña cuyos perfiles se van destacando a mayor precisión a cada minuto que pasa. El combustible remanente es muy escaso, pero el ansia de llegar de Pombo, le hace despreciar esta preocupación.
Por fin, sobre la tierra, avistado Natal, la "Santander" se lanza como una flecha sobre el aeródromo. Surge una dificultad: el tren de aterrizaje, agarrotado, presenta resistencia a desplegarse, Juan Ignacio somete al avión a unos bruscos alabeos y tirones, con lo que el problema se resuelve y las ruedas de la "Santander" tocan la tierra americana, llevándola el beso que recibieron de la arena de la playa de "La Salvé" de Laredo (Santander).
Son en Natal las cuatro y quince de la tarde, la una y cuarto de Madrid, del 21 de Mayo de 1.935. Juan Ignacio Pombo y la avioneta "Santander", acaban de cruzar el Atlántico Sur, en un vuelo de dieciseis horas y cuarenta minutos. Han recorrido 3.160 kilómetros sobre el mar, la más larga distancia cubierta hasta entonces por un avión ligero, marca que áun no ha sido batida, habiendo pasado más de cuarenta años pasados, superada o ni siquiera igualada.
Al tomar tierra en el aeródromo de Natal quedan en los depósitos del bravo avioncillo, ¡diecisiete litros de gasolina!: combustible para venticuatro minutos de vuelo.